พญาครุฑเป็นตัวละครในนิทานเรื่องปักษีปกรณัมซึ่งเป็นนิทานเรื่องที่ 2 ในนิทานตันไตรย

ครั้งหนึ่งเหล่าฤๅษีและเทวดาเกรงว่าตนจะสิ้นอายุขัยจึงคิดหาทางให้มีชีวิตอมตะ พระอิศวรแนะนำให้กวนน้ำอมฤต เหล่าเทวดาและอสูรจึงร่วมมือกันกวนน้ำทิพย์ ฝูงนกทั้งหลายเห็นเทวดาและอสูรร่วมมือกันอย่างดี จึงคิดจะเลือกนกตัวหนึ่งเป็นผู้ปกครอง นกกระเรียนเสนอให้เลือกกาเป็นผู้ปกครอง แต่นกสัมบัณฑิต*เสนอให้เลือกหงส์ ฝูงนกจึงให้กาและหงส์แข่งกันบินข้ามมหาสมุทร กาไม่สามารถบินข้ามมหาสมุทรได้ ตกลงกลางมหาสมุทรเสียก่อน หงส์ช่วยกาไว้แต่กาเนรคุณใส่ร้ายหงส์ นกทั้งหลายจะตั้งหงส์เป็นผู้ปกครอง แต่นกกระเรียนไม่เห็นด้วยจึงเล่านิทานแสดงโทษของหงส์ นกตัวอื่นก็คัดค้านและเสนอผู้ที่สมควรจะเป็นผู้ปกครองต่อไปโดยเล่านิทานประกอบ ผู้ที่ไม่เห็นด้วยก็จะคัดค้านและนำนิทานมาเล่าประกอบเพื่อให้ข้อเสนอนั้นตกไป

ในที่สุดนกทั้งหลายเห็นว่าควรไปเฝ้าพญาครุฑ และเชิญพญาครุฑเป็นผู้ปกครอง พญาครุฑยอมเป็นผู้ปกครองฝูงนก และตั้งนกอินทรีเป็นอุปราช นกการเวกเป็นมนตรี แร้งเป็นเสนาบดี นกแขกเต้าเป็นราชบัณฑิต นกกาเหว่าเป็นปุโรหิต นกยางเป็นเสนาบดี และกาเป็นแขวงเมือง