พญาครุฑเป็นตัวละครในเรื่องอุรคชาดก ทุกนิบาต ในนิบาตชาดก

ในแผ่นดินพระเจ้าพรหมทัตแห่งเมืองพาราณสี ครั้งหนึ่งมีงานมหรสพใหญ่ในเมือง เหล่ามนุษย์ เทวดา นาค ครุฑ พากันมาเที่ยวชมงาน พญานาคตนหนึ่งยืนชมมหรสพอยู่และยกมือขึ้นวางพาดไหล่ผู้ที่ยืนอยู่ข้างหน้าโดยไม่รู้ว่าเป็นพญาครุฑ เมื่อพญาครุฑเหลียวหน้ามาดูก็จำได้ว่าเป็นพญานาค พญานาคเห็นพญาครุฑก็กลัว รีบวิ่งหนีไปทางท่าน้ำ พญาครุฑก็ไล่ติดตามจะจับนาคกินเป็นอาหาร

พระโพธิสัตว์เสวยพระชาติเป็นดาบส มีบรรณศาลาอยู่ริมฝั่งแม่น้ำนั้น ถึงเวลากลางวันดาบสโพธิสัตว์ผลัดผ้าเปลือกไม้วางไว้ริมฝั่งน้ำ แล้วนุ่งผ้าอาบลงอาบน้ำอยู่ พญานาคหนีมาถึงที่นั้นก็จะอาศัยพระดาบสให้ได้รอดชีวิต จึงแปลงกายเป็นท่อนแก้วมณีเข้าไปซ่อนในผ้าเปลือกไม้ พญาครุฑเห็นดังนั้นก็ไม่อาจเข้าไปยกผ้าขึ้นเองเพราะความเคารพพระดาบส จึงร้องบอกพระดาบสว่ามีนาคแปลงเป็นท่อนแก้วแล้วเข้าไปหลบอยู่ในผ้านุ่งของพระดาบส ตนเองหิวกระหายมากแต่ไม่กล้าล่วงล้ำเข้าไปจับนาคออกมากินได้

พระดาบสโพธิสัตว์ยืนอยู่ในน้ำ สรรเสริญพญาครุฑว่าเป็นผู้ยำเกรงบรรพชิต แม้จะหิวกระหายอยู่ก็ยังไม่ล่วงเกินบรรพชิต ขอให้พญาครุฑเป็นผู้มีอำนาจอันประเสริฐรักษาอยู่ และขอให้ทิพยภักษาหารที่ควรแก่เทวดาบริโภคจงปรากฏขึ้น และขอให้พญาครุฑบริโภคอาหารทิพย์นั้น อย่าทำปาณาติบาตกินเนื้อพญานาคเลย แล้วพระดาบสโพธิสัตว์ก็ขึ้นมาหยิบผ้าเปลือกไม้มาผลัดนุ่ง พาพญาครุฑและพญานาคไปยังอาศรม เจริญเมตตาภาวนาให้ทั้งสองไม่มีเวรต่อกัน ตั้งแต่นั้นมาพญาครุฑและพญานาคทั้งสองตนนั้นก็อยู่ด้วยกันอย่างเป็นสุข