เนื้อเรื่องพระสุธนคำฉันท์ มีที่มาจากนิทานเรื่องที่ 2 ในปัญญาสชาดก เมื่อพระพุทธเจ้าประทับอยู่ ณ เชตวัน มีพระภิกษุรูปหนึ่งทุกข์โศกเพราะอาวรณ์ในรสรัก จึงทรงเทศนาให้เห็นโทษของการลุ่มหลงสตรี เป็นนิทานว่าในอดีตเคยเสวยพระชาติเป็นพระสุธนและทรงประสบความทุกข์อย่างใหญ่หลวงเพราะหลงใหลในความรักสตรีเพศจนถึงกับละทิ้งญาติมิตรบิดามารดา เรื่องเล่าว่าพระเจ้าอาทิตยวงศ์ครองเมืองอุดรปัญจา มีมเหสีชื่อนางจันทรเทวี มีโอรสชื่อพระสุธน ในเมืองนี้มีท้าวชมพูจิตรนาคอาศัยในสระน้ำทางทิศตะวันออก ได้รับการบูชาและพลีกรรมจากชาวเมือง จึงบันดาลให้ชาวเมืองอยู่อย่างสมบูรณ์พูนสุข
เมืองปัญจาบุรีเกิดทุพภิกขภัย ราษฎรจำนวนมากพากันหนีมายังเมืองอุดรปัญจา พระเจ้านันทาธิราชผู้ครองเมืองโกรธแค้นริษยาเมืองอุดรปัญจาจึงประกาศให้รางวัลผู้สามารถทำลายพญาชมพูจิตรนาคโดยจะแบ่งเมืองให้ครึ่งหนึ่ง พราหมณ์ผู้หนึ่งรับอาสาไปร่ายเวททำให้พญาชมภูจิตรนาคร้อนรุ่มต้องขึ้นมาจากนาคนครแล้วแปลงกายเป็นพราหมณ์ พรานบูรณ์จึงช่วยด้วยการจับตัวพราหมณ์ให้มาแก้อาคมแล้วสังหารเสีย
ฝ่ายพรานบูรณ์เข้าไปในป่าเพื่อล่าเนื้อ ได้เห็นนางกินรีทั้งเจ็ดนางเป็นธิดาของท้าวทุมราชก็หลงใหลอยากได้มาเป็นภรรยา พรานบูรณ์จึงไปขอบ่วงนาคจากพญาชมพูจิตรนาค แล้วใช้บ่วงนาคจับได้นางกินรีน้องสุดท้องชื่อนางมโนห์รา
พรานบูรณ์พานางมโนห์ราเดินทางกลับเมืองอุดรปัญจา แล้วคิดได้ว่าตนเองต่ำศักดิ์ไม่คู่ควรกับนางมโนห์รา จึงพานางไปถวายพระสุธนที่พระราชอุทยาน นางมโนห์ราอยู่กับพระสุธนที่ตำหนักอุทยาน พระเจ้าอาทิตยวงศ์ทรงทราบว่าโอรสมีชายาเป็นกินรีก็ทรงยินดี โปรดให้รับนางเข้ามาในพระราชวังและยกราชสมบัติให้พระสุธน พระสุธนได้ตั้งพราหมณ์หนุ่มผู้มีปัญญาผู้หนึ่งขึ้นเป็นปุโรหิตตามที่พราหมณ์นั้นเคยทูลขอไว้ ทำให้ปุโรหิตโหราจารย์เดิมแอบผูกใจเจ็บคอยคิดจะแก้แค้นพระสุธนเรื่อยมา
พระเจ้าจันทรภานุครองเมืองบุรพา ทรงยกทัพมาเพื่อตีเมืองอุดรปัญญา ปุโรหิตเฒ่าซึ่งหมายจะทำร้ายพระสุธนได้กราบทูลให้พระสุธนเป็นผู้นำทัพไปต่อสู้ พระเจ้าอาทิตยวงศ์ไม่ทราบในเล่ห์กลก็โปรดให้พระสุธนเป็นแม่ทัพยกไป นางมโนห์รามีความเศร้าโศกห่วงใยขอตามเสด็จ พระสุธนปลอบให้นางคอยไม่นานจะกลับมาทั้งทรงสั่งเสียว่าหากมีปัญหาอันใดให้ฝากตัวกับพระนางจันทรเทวี
พระสุธนทรงฟันพระเจ้าจันทรภาณุสิ้นพระชนม์ขาดคอช้าง ในวันที่พระเจ้าจันทรภาณุสิ้นพระชนม์นั้น พระนางจันทรเทวีพระชนนีของพระสุธน ทรงพระสุบินว่าพระโอรสสิ้นพระชนม์ในสงคราม จึงไปทูลพระเจ้าอาทิตยวงศ์ให้หาปุโรหิตเฒ่ามาทำนาย ปุโรหิตแสร้งทูลว่าฝันนี้ร้ายนัก พระสุธนจะสิ้นพระชนม์และดวงเมืองก็ไม่มั่นคง วิธีแก้คือต้องทำบูชายัญสัตว์ทุกชนิด รวมทั้งนางมโนห์ราด้วย ชั้นแรกพระเจ้าอาทิตยวงศ์ไม่ยินยอม แต่ภายหลังก็ให้ทำพิธีบูชายัญนางมโนห์ราได้ นางมโนห์ราขอให้นางจันทรเทวีช่วยเหลือแต่ไม่สำเร็จ นางมโนห์ราจึงออกอุบายขอสวมเสื้อผ้าเครื่องประดับของตน เมื่อเริ่มพิธีนางจึงบินหนีกลับบ้านเมือง
ระหว่างทางนางมโนห์ราแวะนมัสการพระกสปฤาษีที่ป่าหิมพานต์ เล่าเรื่องทั้งหมดแล้วสั่งความถึงพระสุธนขออย่าให้ติดตามนางไปเพราะหนทางยากลำบาก และฝากผ้ากัมพลกับพระธำมรงค์ไว้ให้และหากพระสุธนจะขืนตามนางไป นางได้เขียนเส้นทางทั้งสั่งให้พระองค์จับลิงไปด้วย และให้เลือกเสวยผลไม้ตามลิงนั้นก็จะปลอดภัย
ฝ่ายพระสุธนเมื่อกลับถึงเมืองก็รีบออกติดตามโดยไม่ฟังคำทัดทานของพระมารดา ทรงเดินทางไปกับพรานบูรณ์จนถึงป่าหิมพานต์จึงให้พรานบูรณ์กลับไป เสด็จไปพบพระกสปฤาษี รับมอบสิ่งของที่นางมโนห์ราฝากไว้ จากนั้นได้เดินทางต่อไปด้วยความยากลำบากจนถึงป่าหวาย อันเป็นดินแดนสุดสิ้นหนทางที่มนุษย์จะเดินทางต่อไปได้ พระสุธนปีนเถาวัลย์ขึ้นพักบนรังพญาอินทรี พระสุธนคิดทบทวนเหตุการณ์ที่ผ่านมา กันแสงรำพึงเสียดายชีวิต เมื่อนกอินทรีกลับมารัง ได้ยินนกคุยกันว่าพรุ่งนี้ท้าวทุมวงศ์จะทำพิธีสะเดาะเคราะห์ธิดาที่หนีมาจากเมืองมนุษย์ ขณะนี้ยังอยู่นอกเมืองได้ 7 ปี 7 เดือน 7 วัน ก่อนจะรับเข้าเมือง พระสุธนฟังจึงแฝงกายในขนนกอินทรี นกบินลงยังสระบัวแห่งหนึ่ง พระสุธนออกจากกายนก ได้เห็นเหล่านางกินรีบริวารออกมาตักน้ำไปสรงนางมโนห์ราให้สิ้นมลทินมนุษย์ นางหนึ่งตักน้ำแล้วยกกระออมไม่ขึ้น พระสุธนไปช่วย แล้วลอบใส่ธำมรงค์ในหม้อน้ำนั้น เมื่อนางกินรีนำน้ำไปสรงนางมโนห์รา แหวนนั้นก็ตกลงสวมนิ้วของนางทันที นางมโนห์ราจึงรู้ว่าพระสุธนตามมาก็ยินดี จึงให้นางทาสีนำภูษาทรงอันงดงามไปให้พระสุธน แล้วตนเองไปทูลพระบิดาว่าพระสวามีได้ตามมาถึงแล้ว ท้าวทุมวงศ์จึงโปรดให้เข้าเฝ้าและทดสอบโดยให้พระสุธนแผลงศรผ่านเครื่องกีดขวางต่าง ๆ ให้เข้าเป้าซึ่งอยู่ในสุด พระสุธนก็สามารถทำได้สำเร็จ ท้าวทุมวงศ์ทรงให้ธิดาทั้งเจ็ดซึ่งมีรูปโฉมเหมือนกันออกมาให้พระสุธนเลือก พระสุธนอธิษฐานว่าหากจะได้บรรลุพระโพธิญาณต่อไปภายหน้าขอให้เลือกนางมโนห์ราได้ถูกต้อง พระอินทร์แปลงกายเป็นแมลงวันทองบินเวียนวนรอบกายนาง พระสุธนจึงเลือกได้ ท้าวทุมวงศ์จึงจัดงานอภิเษกให้ พระสุธนกับนางมโนห์ราอยู่ร่วมกันอย่างมีความสุข