ท้าวสุทัศน์และนางปทุมเกสรกษัตริย์เมืองรัตนา มีโอรส 2 องค์ชื่อพระอภัยมณีและศรีสุวรรณ เมื่อทั้งสองเจริญวัยเป็นหนุ่ม ท้าวสุทัศน์ก็ให้ไปศึกษาวิชาสำหรับกษัตริย์ใช้ประโยชน์ในการครองเมือง แต่พระอภัยมณีและศรีสุวรรณกลับไปเรียนวิชาที่ท้าวสุทัศน์เห็นว่าไม่ใช่วิชาสำหรับกษัตริย์ คือวิชาปี่และกระบี่กระบอง ท้าวสุทัศน์จึงไล่โอรสทั้งสองออกจากเมือง สองพี่น้องต้องพเนจรไปตามยถากรรม จนมาวันหนึ่งได้พบกับพราหมณ์หนุ่มสามคน คือ โมรา สานน และวิเชียร ซึ่งต่างมีวิชาดีประจำตัว คือโมราสามารถมัดฟางแล้วเสกให้เป็นเรือแล่นไปมาได้ สานนสามารถเรียกลมฝนได้ ส่วนวิเชียรสามารถยิงธนูได้คราวละ 7 ดอก พราหมณ์ทั้งสามไม่เชื่อว่าเพลงปี่ของพระอภัยมณีจะมีประโยชน์ได้จริง พระอภัยมณีจึงพิสูจน์ฤทธิ์ของปี่ โดยเป่าให้ฟังจนศรีสุวรรณและพราหมณ์ทั้งสามเคลิ้มหลับไป
นางผีเสื้อสมุทรซึ่งเป็นใหญ่ในท้องทะเลอโนมานได้ยินเสียงปี่ จึงตามมาจนได้เห็นพระอภัยมณี เกิดหลงรักจึงเอาตัวพระอภัยมณีไปไว้ในถ้ำ พระอภัยมณีจำใจอยู่กับนาง มีโอรสคือสินสมุทร เมื่อสินสมุทรอายุได้ 8 ปีได้จับเงือกมาให้พระอภัยมณีดู พระอภัยมณีจึงให้เงือกพาหนีจากนางยักษ์ เงือกพาพระอภัยมณีและสินสมุทรหนีไปอาศัยอยู่กับพระฤาษีที่เกาะแก้วพิสดาร พระอภัยมณีได้นางเงือกเป็นชายา นางยักษ์ติดตามมาแต่ไม่สามารถเอาตัวพระอภัยมณีกลับไปได้
ฝ่ายศรีสุวรรณและสามพราหมณ์ ครั้นตื่นขึ้นไม่เห็นพระอภัยมณีจึงออกตามหา โดยอาศัยเรือฟางของพราหมณ์โมราเป็นพาหนะ ทั้งหมดหลงทางไปถึงเมืองรมจักรจึงปลอมตัวเป็นพราหมณ์เข้าไปอาศัยอยู่กับนายด่านตรวจเมืองรมจักร ศรีสุวรรณจึงมีโอกาสรู้จักนางแก้วเกษราพระราชธิดาของท้าวทศวงศ์ ต่อมาเมืองรมจักรมีสงครามเนื่องจากท้าวอุเทนกษัตริย์ชวายกทัพมาล้อมเมืองเพราะโกรธที่ท้าวทศวงศ์ไม่ยอมยกนางแก้วเกษราให้ ศรีสุวรรณและสามพราหมณ์อาสาศึกได้รับชัยชนะ ศรีสุวรรณจึงได้อภิเษกกับนางแก้วเกษราและได้ครองเมืองรมจักร มีธิดาคือนางอรุณรัศมี
กล่าวถึงท้าวสิลราชเจ้าเมืองผลึก มีธิดาชื่อนางสุวรรณมาลีซึ่งเป็นคู่หมั้นของอุศเรน โอรสเจ้ากรุงลังกา เมื่อใกล้จะถึงการอภิเษกสมรส ท้าวสิลราชได้พานางสุวรรณมาลีออกไปเที่ยวทะเล เกิดพายุใหญ่เรือท้าวสิลราชไปเกยติดฝั่งที่เกาะแก้วพิสดาร ท้าวสิลราชและนางสุวรรณมาลีได้รู้จักกับพระอภัยมณีและสินสมุทร สินสมุทรฝากตัวเป็นลูกของนางสุวรรณมาลี เมื่อท้าวสิลราชและนางสุวรรณมาลีเดินทางกลับเมือง พระฤาษีจึงฝากพระอภัยมณี สินสมุทรและผู้คนที่ติดเกาะจำนวนหนึ่งให้โดยสารเรือกลับมาด้วย นางผีเสื้อสมุทรที่คอยเฝ้าพระอภัยมณีจึงล่มเรือท้าวสิลราช ท้าวสิลราชจมน้ำตาย พระอภัยมณีและบริวารหนีนางผีเสื้อมาจนถึงเกาะมหิงษะ พระอภัยมณีจึงเป่าปี่จนนางยักษ์ขาดใจตาย
ฝ่ายสินสมุทรอุ้มนางสุวรรณมาลีว่ายน้ำมาพบเรือของโจรสุหรั่ง โจรสุหรั่งอยากได้นางเป็นภรรยา แต่สินสมุทรไม่ยอมจึงเกิดการต่อสู้กัน สินสมุทรฆ่าโจรสุหรั่งตายและได้เป็นผู้ครอบครองเรือนั้นแทน สินสมุทรเดินเรือรอนแรมมาจนเข้าเขตแดนเมืองรมจักร เสบียงอาหารในเรือร่อยหรอจึงเข้าตีเมืองรมจักรเพื่อแย่งชิงอาหาร ศรีสุวรรณออกต่อสู้ป้องกันเมือง เมื่อรู้ว่าสินสมุทรเป็นหลาน ศรีสุวรรณก็ตกลงใจพาสินสมุทรเดินทางตามหาพระอภัยมณีโดยนางอรุณรัศมีร่วมเดินทางด้วย
อุศเรนคู่หมั้นของนางสุวรรณมาลี เดินทางมาเมืองผลึกตามกำหนดวันอภิเษกสมรส ครั้นได้ทราบว่านางสุวรรณมาลีหายไปก็ออกตามหา มาจนถึงเกาะมหิงษะพบพระอภัยมณีและบริวารจึงรับขึ้นเรือมาด้วย เรืออุศเรนพบเรือของสินสมุทรที่กลางทะเล สินสมุทรและศรีสุวรรณได้พบพระอภัยมณี อุศเรนขอนางสุวรรณมาลีคืน สินสมุทรไม่ยอมให้จึงเกิดการต่อสู้กัน อุศเรนถูกสินสมุทรจับได้แต่พระอภัยมณีของดโทษอุศเรนไว้ อุศเรนจึงกลับไปกรุงลังกา ส่วนพระอภัยมณีไปกับสินสมุทร เมื่อกลับไปถึงเมืองผลึก นางมณฑาแม่ของนางสุวรรณมาลีเชิญให้พระอภัยมณีครองเมือง ส่วนนางสุวรรณมาลี สินสมุทรและนางอรุณรัศมีออกบวช
เมื่อพระอภัยมณีได้ครองเมืองผลึกก็จัดการทำนุบำรุงบ้านเมือง รับผู้มีความรู้ความสามารถเข้ามารับราชการ นางวาลีซึ่งเป็นคนที่ฉลาดมีความรู้ได้เข้ามาถวายตัวเป็นนางสนม แล้วช่วยคิดอุบายให้นางสุวรรณมาลีสึกมาเข้าพิธีอภิเษกสมรส พระอภัยมณีจึงได้ครองเมืองผลึกกับนางสุวรรณมาลีอย่างมีความสุข มีธิดาฝาแฝดชื่อสร้อยสุวรรณกับจันทร์สุดา
ฝ่ายนางเงือกคลอดลูกเป็นชายชื่อสุดสาคร พระฤาษีช่วยเลี้ยงดูสุดสาครจนอายุได้ 3 ปี วันหนึ่งสุดสาครได้พบม้านิลมังกร พระฤาษีสอนให้จับม้านิลมังกร ได้ม้านิลมังกรแล้วสุดสาครจึงออกเดินทางตามหาพ่อ ระหว่างทางสุดสาครพบชีเปลือย ถูกชีเปลือยหลอกผลักตกเหวชิงไม้เท้าวิเศษหนีไปยังเมืองการะเวก พระฤาษีมาช่วยให้ขึ้นจากเหวได้ สุดสาครติดตามไปเอาไม้เท้าและม้านิลมังกรคืน เจ้าเมืองการะเวกรับสุดสาครเป็นโอรสบุญธรรมให้เป็นเพื่อนเล่นกับธิดาและโอรสคือนางเสาวคนธ์และหัสไชย
อุศเรนคิดแก้แค้นที่รบแพ้สินสมุทร จึงยกทัพมาแก้แค้นแต่พ่ายแพ้ถูกจับได้ นางวาลีใช้อุบายพูดยั่วจนอุศเรนกระอักเลือดตายกลายเป็นปีศาจเข้าสิงนางวาลีจนตายตกตามกัน เจ้ากรุงลังกาเสียใจเรื่องอุศเรนจนตรอมใจตาย
นางละเวงวัณฬาน้องสาวของอุศเรนได้ครองราชย์เป็นกษัตริย์กรุงลังกาต่อ นางคิดแก้แค้นให้พ่อและพี่ชาย จึงปรึกษากับบาทหลวงใช้อุบายทำเสน่ห์ใส่รูปวาดแจกจ่ายแก่เจ้าเมืองต่าง ๆ เพื่อให้ช่วยยกทัพมาตีเมืองผลึก เจ้าละมานหลงเสน่ห์รูปนางละเวงจึงยกทัพมาตีเมืองผลึก พระอภัยมณีเป่าปี่จับเจ้าละมานได้ พอเห็นรูปนางละเวงก็พลอยหลงเสน่ห์ไปด้วย
ฝ่ายสุดสาครซึ่งอยู่ ณ เมืองการะเวกออกเดินทางพร้อมด้วยนางเสาวคนธ์และหัสไชย เพื่อตามหาพระอภัยมณี ระหว่างทางนั้นได้ต่อสู้กับผีเสื้อกินคน ได้ของวิเศษคือตาผีเสื้อสำหรับป้องกันตน ทั้งสามรอนแรมมาจนถึงเมืองผลึกซึ่งขณะนั้นกำลังมีสงครามเก้าทัพติดพันอยู่ สุดสาครจึงเข้าช่วยทำสงครามจนชนะ สุดสาครเข้าเมืองผลึกได้พบพ่อและญาติ ๆ และแก้เสน่ห์นางละเวงได้ ทั้งสองฝ่ายยังสู้รบกันอยู่ พระอภัยมณีจึงเป่าปี่ห้ามทัพทหารหลับหมด และถือโอกาสเกี้ยวนางละเวง แต่นางหนีไป
ระหว่างทางนางละเวงหนีได้ดินถนันซึ่งเป็นยาวิเศษ และมาถึงบ้านสิงคารนำ ได้นางยุพาผกาและสุลาลีวันชาวบ้านสิงคารนำเป็นบุตรีบุญธรรม ขณะเดินทางกลับเมืองลังกานางพักที่ถ้ำกลำพัน ได้พบย่องตอดซึ่งยอมเป็นทาสรับใช้ เพราะเกรงอำนาจตราราหู
ศรีสุวรรณและสินสมุทรนำกองทัพตีด่านดงตาลฆ่าอิเรนนายด่านตาย นางรำภาสะหรีลูกสาวอิเรนออกรบได้พบศรีสุวรรณ นางสู้ไม่ได้จึงหนีไปเฝ้านางละเวง นางละเวงให้นางยุพาผกา นางสุลาลีวันและนางรำภาสะหรีมารักษาด่านเขาเจ้าประจัญ ย่องตอดออกช่วยทำศึกสะกดทัพจับสามพราหมณ์แต่พราหมณ์หนีไปได้ นางละเวงเห็นว่าเป็นศึกหนักจึงคิดหย่าทัพ คิดอุบายพาตัวพระอภัยมณีเข้าเมืองลังกา พระอภัยมณีจึงได้นางละเวงและยอมเข้ารีตฝรั่ง ศรีสุวรรณและสินสมุทรตามพระอภัยมณีเข้าเมืองลังกาถูกเสน่ห์นางรำภาสะหรีและนางยุพาผกาจึงไม่กลับ นางสุวรรณมาลีและสุดสาครจึงยกทัพไปกรุงลังกา สุดสาครถูกเสน่ห์นางสุลาลีวันอีกคน ทัพเมืองผลึกจึงมีแต่นางสุวรรณมาลีกับหัสไชยเป็นนายทัพ นางสุวรรณมาลีแจ้งข่าวไปยังเมืองรมจักรและเมืองการะเวก ท้าวทศวงศ์จึงพานางแก้วเกษราและนางอรุณรัศมีมายังเมืองลังกา ส่วนเจ้าเมืองการะเวกให้นางเสาวคนธ์และทิศาปาโมกข์โลกเชษฐ์มาช่วยทำศึกรบกับทัพนางละเวง นางละเวงขอให้พระอภัยมณี ศรีสุวรรณ สินสมุทร และสุดสาครออกไปสู้กับทัพเมืองผลึก ทิศาปาโมกข์โลกเชษฐ์จึงทำพิธีเชิญพระฤาษีเกาะแก้วพิสดารมาช่วยเทศน์โปรดกองทัพทั้งสองฝ่าย สงครามยุติ นางละเวงเชิญทุกคนเข้าเมืองลังกา นางเสาวคนธ์ได้โอกาสขอขุดโคตรเพชรไปได้
เมื่อสงครามสงบพระอภัยมณีจึงจัดการอภิเษกสินสมุทรกับนางอรุณรัศมี สุดสาครกับเสาวคนธ์ แต่นางเสาวคนธ์น้อยใจหนีพิธีอภิเษกปลอมตัวเป็นฤาษีชื่อพระอัคนีไปเมืองวาหุโลมทำสงครามกับเจ้าเมืองชนะได้ครองเมืองวาหุโลม สุดสาครออกตามหาจนพบและได้นางเสาวคนธ์เป็นชายาด้วยอุบายแล้วจึงพากลับเมือง
ทางเมืองลังกาสี่นางต่างให้กำเนิดโอรสคือ นางละเวงให้กำเนิดมังคลา นางรำภาสะหรีให้กำเนิดวลายุดา นางยุพาให้กำเนิดวายุพัฒน์ และนางสุลาลีวันให้กำเนิดหัสกัน เมื่อโอรสเจริญวัยนางละเวงจึงอภิเษกให้มังคลาครองเมืองลังกาได้นางสุนีเป็นชายา บาทหลวงยุให้มังคลาไปชิงโคตรเพชรคืน วายุพัฒน์กับหัสกันอาสายกทัพไปชิงโคตรเพชรจากเมืองการะเวกมาถวายมังคลา ท้าวสุริโยทัยส่งข่าวถึงนางสุวรรณมาลี นางสุวรรณมาลีจึงส่งหัสไชยกลับเมืองการะเวกและมีสารถึงนางละเวง แต่ทหารฝ่ายมังคลาจับคนเดินสารได้ มังคลาจึงให้วายุพัฒน์กับหัสกันไปจับนางสุวรรณมาลี นางสร้อยสุวรรณ จันทร์สุดาไปขังไว้ที่ด่านดงตาล ส่วนวลายุดาไปตีเมืองรมจักรจับท้าวทศวงศ์และมเหสีไปได้
นางเสาวคนธ์และสุดสาครทราบข่าวศึกจึงขอกำลังเมืองวาหุโลมมาสมทบกับทัพหัสไชยซึ่งยกไปจากเมืองการะเวกช่วยกันตีกองทัพฝ่ายลังกา เมื่อนางละเวงทราบว่ามังคลาจับท้าวทศวงศ์ นางสุวรรณมาลี และพระราชธิดามาขังไว้ที่ด่านดงตาลจึงมาช่วยแก้ไขพาคนทั้งหมดไปอยู่ในวังเมืองลังกา
ระหว่างนั้นพระอภัยมณีและศรีสุวรรณซึ่งไปปลงพระศพท้าวสุทัศน์ ณ เมืองรัตนา ทราบข่าวศึกจึงยกทัพมาช่วย นางละเวงร่วมมือกับพระอภัยมณีทำสงครามกับฝ่ายมังคลาจับวลายุดา วายุพัฒน์และหัสกันได้ แต่ผู้วิเศษซึ่งเป็นอาจารย์ของคนทั้งสามมาช่วยพาหนีไป พระอภัยมณีจึงเข้าเมืองลังกา
เมื่อสงครามสงบ พระอภัยมณีออกบวช ณ เขาสิงคุตร์ สองนางคือนางสุวรรณมาลีและนางละเวงจึงบวชตาม มีนางรำภาสะหรี ยุพาผกาและสุลาลีวันคอยปรนนิบัติรับใช้ สุดสาครกับนางเสาวคนธ์จึงได้ครองเมืองลังกา หัสไชยครองเมืองการะเวก สินสมุทรครองเมืองผลึก ศรีสุวรรณกลับไปเมืองรมจักร