บทละครเรื่องอิเหนาเป็นพระราชนิพนธ์ในพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย โปรดให้ประชุมกวีนิพนธ์บทละครเรื่องอิเหนาขึ้นใหม่จากบทของรัชกาลที่ 1 เพื่อใช้แสดงละครใน โดยทรงเปลี่ยนสำนวนภาษาให้ไพเราะงดงามขึ้น และเมื่อแต่งบทแล้วได้พระราชทานเจ้าฟ้ากรมหลวงพิทักษมนตรี พร้อมด้วยครูละครคือนายทองอยู่และนายรุ่งให้ช่วยกันคิดกระบวนรำ แล้วจึงซ้อมถวายเพื่อทรงมีพระราชวินิจฉัยกระบวนรำและกระบวนบางบทแล้วจึงถือเป็นข้อยุติ ดังนั้นบทละครพระราชนิพนธ์เรื่องอิเหนาจึงสมบูรณ์ทั้งบทละครและกระบวนรำและถือเป็นแบบอย่างของบทละครรำตราบจนทุกวันนี้
กษัตริย์วงศ์เทวาสืบเชื้อสายมาจากเทวดาจึงมีอำนาจบารมีที่สุด ได้ปกครองกรุงต่าง ๆ 4 กรุง ได้แก่ กุเรปัน ดาหา กาหลัง และสิงหัดส่าหรี เมื่ออิเหนาเกิดมีเหตุอัศจรรย์แผ่นดินไหว ฝนตกฟ้าร้องไปทั่วทิศ และองค์ปะตาระกาหลาซึ่งเป็นพระอัยกาเหาะลงมาจากสวรรค์เพื่อประทานกริชจารึกชื่อ ตามจารีตของกษัตริย์วงศ์เทวาจะต้องมีการอภิเษกสมรสภายในเชื้อวงศ์เดียวกันเท่านั้น ท้าวกุเรปันจึงให้อิเหนาหมั้นกับบุษบาพระราชธิดาท้าวดาหาและรอเวลาจัดการอภิเษก
อิเหนาเป็นเจ้าชายหนุ่มรูปงามและมีฝีมือเก่งกล้าในการรบ เป็นองค์รัชทายาทของกรุงกุเรปันซึ่งยิ่งใหญ่ที่สุด ครั้นอายุได้ 15 ปี อิเหนาต้องคุมเครื่องสักการะศพพระอัยยิกาไปเมืองหมันหยาและได้พบกับจินตะหราพระราชธิดาท้าวหมันหยา อิเหนาหลงรักนางและไม่ยอมกลับเมือง ท้าวกุเรปันต้องเรียกกลับ โดยอ้างว่าประไหมสุหรีทรงครรภ์แก่แล้ว ต่อมาประสูติพระธิดาชื่อวิยะดา ซึ่งเป็นคู่ตุนาหงันของสียะตรารัชทายาทเมืองดาหา ท้าวกุเรปันจะจัดการอภิเษกอิเหนากับบุษบา อิเหนาจึงทำอุบายลาท้าวกุเรปันออกเที่ยวป่า โดยปลอมตัวเป็นโจรป่าชื่อมิสาระปันหยี ระหว่างเดินทางไปเมืองหมันหยาปันหยีฆ่าท้าวบุศสิหนาตาย ระตูพี่ชายท้าวบุศสิหนาขอยอมแพ้และยกโอรสธิดาให้อิเหนา ได้แก่นางสะการะวาตี มาหยารัศมี และสังคามาระตา อิเหนาได้จินตะหราเป็นชายา และนางสะการะวาตีกับนางมาหยารัศมีเป็นพระสนม และรับสังคามาระตาเป็นอนุชา เมื่อท้าวกุเรปันทราบเรื่องจึงสั่งให้อิเหนากลับเมืองแต่อิเหนาไม่ยอมกลับ และขอเลิกการหมั้นกับบุษบาเพื่ออยู่กับจินตะหราที่เมืองหมันหยา
ท้าวดาหาทราบเรื่องก็โกรธอิเหนามาก จึงประกาศว่าจะยกบุษบาให้แก่ผู้ที่มาสู่ขอเป็นคนแรก บุษบาจึงต้องเป็นคู่ตุนาหงันของระตูจรกาผู้มีรูปร่างอัปลักษณ์และศักดิ์ต่ำกว่า องค์ปะตาระกาหลาโกรธอิเหนามาก จึงบันดาลให้รูปบุษบาตกไปถึงมือวิหยาสะกำโอรสท้าวกะหมังกุหนิง วิหยาสะกำหลงรักบุษบา ท้าวกะหมังกุหนิงสู่ขอไม่ได้จึงยกทัพมาทำศึกชิงนาง ท้าวกุเรปันมีราชสาส์นให้อิเหนาไปช่วยรบ อิเหนาจึงต้องยกทัพมาเพราะขัดรับสั่งไม่ได้ อิเหนาทำศึกกับท้าวกะหมังกุหนิง รบชนะท้าวกะหมังกุหนิงด้วยกริช และสังคามาระตาฆ่าวิหยาสะกำตายในที่รบ อิเหนาเข้าเมืองดาหาและได้พบบุษบาก็หลงรัก จึงทำทุกวิถีทางเพื่อให้ได้นางมา เริ่มจากใช้สียะตราเป็นสื่อรัก เผาเมืองดาหาระหว่างพิธีอภิเษกแล้วใส่ความจรกา ปลอมตนเป็นจรกาลักบุษบาไปไว้ที่ถ้ำทอง อิเหนาจึงได้บุษบามาครองสมใจ ระหว่างที่อิเหนาไปแก้สงสัยที่เมืองดาหา องค์ปะตาระกาหลากริ้วอิเหนาที่ก่อเหตุเดือดร้อน จึงบันดาลให้ลมหอบบุษบาพรากไปเสีย และให้บุษบาปลอมเป็นชายชื่อมิสาอุณากรรณและมอบกริชให้แล้วสาปให้อิเหนากับบุษบาจำกันไม่ได้ จนกว่า 4 กษัตริย์ คือ อิเหนา บุษบา สียะตรา และวิยะดาจะได้อยู่เมืองเดียวกัน อุณากรรณพร้อมพี่เลี้ยงทั้ง 2 คน พบท้าวประมอตัน ท้าวประมอตันจึงรับเลี้ยงอุณากรรณเป็นโอรสบุญธรรม
อิเหนากลับมาจากแก้สงสัยโดยพาวิยะดามาด้วย เมื่อไม่พบบุษบาก็โศกเศร้าเสียใจจนสิ้นสติและตัดสินใจออกตามหาบุษบา โดยปลอมเป็นปันหยีและพาน้องสาวคือวิยะดาไปด้วย โดยเปลี่ยนชื่อเป็นเกนหลงหนึ่งหรัด อิเหนาต้องมะงุมมะงาหราตามหาบุษบาเป็นเวลาหลายปี ระหว่างทางได้สู้รบกับเมืองน้อยใหญ่และได้เชลยและเครื่องบรรณาการมากมาย อิเหนาตามหาบุษบาทั่วแดนชวา ข้ามไปยังเกาะมะละกา แล้วจึงกลับมาแดนชวาอีก เมื่อมาถึงเขาปัจจาหงันใกล้เมืองกาหลังจึงบวชเป็นฤษีชื่อกัศมาหราอายัน เพื่อสะเดาะเคราะห์และขอให้กุศลบันดาลให้พบบุษบา
องค์ปะตาระกาหลาแนะให้อุณากรรณออกตามหาอิเหนา อุณากรรณจึงลาท้าวประมอตัน ระหว่างทางมีเมืองต่าง ๆ ยอมอ่อนน้อม พร้อมถวายเครื่องราชบรรณาการและโอรสธิดา อุณากรรณได้พบอิเหนาในรูปฤษีกัศมาหราอายัน แต่ต่างฝ่ายต่างจำกันไม่ได้เพราะคำสาป
สังคามาระตาสงสัยว่าอุณากรรณคือบุษบาปลอมตัวมา แต่อิเหนาไม่เชื่อ พี่เลี้ยงของบุษบาก็คิดว่ากัศมาหราอายันคืออิเหนา แต่อุณากรรณก็ไม่เชื่อเช่นกัน อุณากรรณเข้าเมืองกาหลังและได้รับแต่งตั้งเป็นโอรสบุญธรรม ต่อมาอิเหนาลาพรตกลับเป็นปันหยีตามเข้าเมืองกาหลัง ท้าวกาหลังต้อนรับปันหยีเช่นเดียวกับอุณากรรณ
ท้าวจะมาหรายกทัพมาทำศึกชิงราชธิดาเมืองกาหลัง ปันหยีและอุณากรรณจึงยกทัพไปทำศึก โดยอุณากรรณฆ่าท้าวจะมาหราตาย และปันหยีฆ่าท้าวกะปาหลันตาย ท้าวกาหลังจัดงานสมโภชพระราชธิดา ปันหยีจึงได้พบนางสะการะหนึ่งหรัดและหลงรักนาง อุณากรรณพยายามกีดกันเพราะคิดว่าปันหยีจะทำให้เสื่อมเสียเกียรติวงศ์เทวา ต่อมาอุณากรรณเกิดเกรงว่าจะมีคนรู้ว่าตนเป็นหญิงจึงลาท้าวกาหลังทำทีจะกลับเมือง และไปบวชเป็นแอหนังและเรียนรู้วิชาพยากรณ์
เมื่อสียะตราอายุได้ 15 ปี ผ่านพิธีโสกันต์แล้ว เกิดคิดถึงบุษบาและอิเหนา จึงทำอุบายลาท้าวดาหาออกล่าสัตว์พร้อมพี่เลี้ยง แล้วปลอมเป็นชาวป่าชื่อย่าหรันวิลิศมาหรา เที่ยวติดตามหาบุษบาและอิเหนา องค์ปะตาระกาหลาแปลงเป็นนกยูงมาล่อย่าหรันไปเมืองกาหลัง ย่าหรันเข้าเฝ้าท้าวกาหลัง ท้าวกาหลังต้อนรับและเลี้ยงแทนอุณากรรณ ย่าหรันพบปันหยีแต่จำกันไม่ได้ ส่วนสังคามาระตาจำสียะตราได้แต่ไม่บอกปันหยี ย่าหรันพบนางเกนหลงก็นึกรัก แต่ปันหยีไม่พอใจ สังคามาระตาเป็นใจให้ย่าหรันลักนางเกนหลง สังคามาระตาตามไปบอกปันหยีขณะที่ปันหยีกำลังปีนขึ้นตำหนักนางสะการะหนึ่งหรัดพอดี ปันหยีหุนหันไปรบกับย่าหรัน เมื่อกริชของทั้งสองกระทบกันก็เกิดเปลวไฟ สังคามาระตาจึงบอกปันหยีว่าน่าจะเป็นด้วยร่วมวงศ์เทวา ปันหยีหยุดรบและท้าวกาหลังก็มาห้ามด้วย ปันหยีจึงกลับวังด้วยความเสียใจ ต่อมาสังคามาระตาไปขอกริชย่าหรันมาให้ปันหยีดูจึงรู้ว่าเป็นสียะตราปลอมมา
ฝ่ายระตูเมืองมะงาดาต้องการสะการะหนึ่งหรัดเป็นมเหสีของน้องชายตน แต่เกรงฝีมือปันหยีจึงส่งให้คนไปลักปันหยีมา ปรากฏว่าลักผิดตัวได้ย่าหรันมาแทน นางดะราหวันบุตรีระตูมะงาดาเห็นย่าหรันแล้วนึกรัก จึงลอบไปหาย่าหรัน ฝ่ายปันหยีให้คนออกตามหาย่าหรัน ประสันตาไปเที่ยวตามหาย่าหรันไปพบแอหนังซึ่งพยากรณ์ว่าให้ไปตามย่าหรันที่เมืองมะงาดา ปันหยีฟังเรื่องของแอหนังแล้วสนใจจึงปลอมเป็นเทวดาลวงนางแอหนังว่าจะพาไปสวรรค์ แต่พานางมาเมืองกาหลัง อิเหนาได้เห็นกริชที่นางแล้วสำคัญผิดคิดว่านางเป็นเมียอุณากรรณ
พี่เลี้ยงตามไปพบย่าหรันที่เมืองมะงาดา พาหนีกลับมาที่เมืองกาหลัง ย่าหรันจึงพานางดะราหวันมาด้วย ฝ่ายแอหนังเกรงว่าจะต้องเป็นเมียปันหยีจึงคิดฆ่าตัวตาย ประสันตาแสร้งทำอุบายเล่นหนังเป็นเรื่องราวของอิเหนาและบุษบา ในที่สุดกษัตริย์ทั้ง 4 จึงพ้นคำสาปและจำกันได้ ย่าหรันลอบส่งสารไปยังท้าวกุเรปันและท้าวดาหา เพื่อแจ้งให้ทราบว่าพบอิเหนาและบุษบาแล้ว
ท้าวกุเรปันและท้าวดาหายกทัพไปยังเมืองกาหลังและจัดการวิวาห์แก่อิเหนา พร้อมกษัตริย์วงศ์เทวาทั้งหมด โดยให้จินตะหราวาตีมาร่วมพิธีด้วย อิเหนาได้ชายา 10 องค์ จินตะหราเป็นประไหมสุหรีฝ่ายขวา และบุษบาเป็นประไหมสุหรีฝ่ายซ้าย เมื่อจัดการอภิเษกเสร็จแล้ว ท้าวกาหลังนำกษัตริย์ทั้งหมดไปทำพิธีแก้บนที่เขาปันจะหรา ก่อนจะแยกย้ายกันกลับไปเมืองของตน