มิลินทปัญหาฉบับพิสดารกล่าวถึงพระพุทธเจ้าทรงพยากรณ์การถามปัญหาของพระยามิลินท์กับพระนาคเสน อดีตชาติของพระนาคเสนกับพระยามิลินท์ว่าในสมัยพระกัสสปอดีตพุทธเจ้า มีพระภิษุและสามเณรอยู่ วันหนึ่งภิกษุอาจารย์ให้ใช้สามเณรขนเศษหยากเยื่อจากเจดีย์ไปทิ้ง สามเณรเฉยเสีย อาจารย์จึงตีด้วยไม้ สามเณรร้องไห้นำหยากเยื่อไปทิ้งพร้อมอธิษฐานให้ตนมีปัญญาเหมือนกระแสคลื่น ฝ่ายภิกษุอาจารย์ได้ยินสามเณรอธิษฐานจึงอธิษฐานให้มีปัญญาเหนือกว่าสามเณร
ในชาติสุดท้ายพระภิกษุอาจารย์ได้มาเกิดเป็นพระนาคเสน สามเณรมาเกิดเป็นพระยามิลินท์ เป็นกษัตริย์ที่ทรงปัญญาทรงโปรดการลองปัญญาจนไม่มีผู้ใดแก้ปัญหาของพระองค์ได้
วันหนึ่งพระยามิลินท์เสด็จมาถามปัญหาพระอายุปาลเถระและได้พบกับพระนาคเสน ได้ลองปัญญาพระนาคเสน เมื่อทรงทราบว่าพระนาคเสนมีปัญญาก็ให้นิมนต์เข้าวังมาลองปัญญา ปัญหาของพระยามิลินท์ประกอบด้วย ปัญหาต่างๆ แบ่งเป็น 3 หมวดใหญ่ แต่ละหมวดมีปัญหา แบ่งเป็นวรรค
มิลินทปัญหาฉบับพิสดารแสดงหลักปรัชญาในพุทธศาสนาตั้งแต่ระดับพื้นฐานจนถึงระดับอภิธรรม เช่น เรื่องพระนิพพานในนวมวรรคเป็นต้น มีการอธิบายความเพื่อให้เข้าใจได้ง่าย