ตำนานพุทธเจดีย์สยามแบ่งเนื้อหาออกเป็น 9 ตอน คือ
ตอนที่ 1 ว่าด้วยมูลเหตุที่เกิดพุทธเจดีย์ กล่าวถึงเจดีย์ 4 อย่าง และอธิบายว่าด้วยเจดีย์ 4 อย่าง
ตอนที่ 2 ว่าด้วยประวัติพุทธเจดีย์ กล่าวถึงการปฐมสังคายนา ทุติยสังคายนา ความนิยมในบริโภคเจดีย์ รวมทั้งการสร้างวัดตามสถานที่มีบริโภคเจดีย์ และว่าด้วยการปลูกพระศรีมหาโพธิ
ตอนที่ 3 สมัยแรกพระพุทธศาสนาเป็นประธานของประเทศ กล่าวถึงราชอาณาจักรตอน พ.ศ. 200 พระราชประวัติพระเจ้าอโศก พระสถูปที่สร้างครั้งพระเจ้าอโศก และตติยสังคายนา เป็นต้น
ตอนที่ 4 ว่าด้วยมูลเหตุที่เกิดการสร้างพระพุทธรูป กล่าวถึงชนชั้นที่นับถือพระพุทธศาสนา เรื่องพระเจ้ามิลินท์ทรงสร้างพระพุทธรูป และพระพุทธรูปฝีมือช่างโยนก
ตอนที่ 5 ว่าด้วยพุทธเจดีย์สมัยคุปตะ กล่าวถึงการเกิดลัทธิมหายานและหินยาน พระปางของช่างโยนก และเรื่องมณฑปและปรางค์
ตอนที่ 6 ว่าด้วยพุทธเจดีย์ของพวกมหายาน กล่าวถึงลัทธิผู้นับถือคติมหายานและหินยาน ว่าด้วยพระพุทธรูปตามคติมหายาน และว่าด้วยธยานิโพธิสัตว์
ตอนที่ 7 ว่าด้วยพุทธเจดีย์ในนานาประเทศ กล่าวถึงโบราณวัตถุที่เป็นเครื่องหมายที่แสดงว่าพระพุทธศาสนาได้เผยแผ่ไปถึง ว่าด้วยคำสอนศาสนาที่ชาวอินเดียพาไป ว่าด้วยศาสนาพราหมณ์ศาสนาพุทธปนกัน และความเสื่อมแห่งพระพุทธศาสนาในอินเดีย เป็นต้น
ตอนที่ 8 ว่าด้วยพระพุทธศาสนาในประเทศสยาม กล่าวถึงตามยุค คือ ยุคที่ 1 ลัทธิหินยานอย่างเถรวาท ยุคที่ 2 ลัทธิมหายาน ยุคที่ 3 ลัทธิหินยานอย่างพุกาม ยุคที่ 4 ลัทธิลังกาวงศ์
ตอนที่ 9 ว่าด้วยพุทธเจดีย์ในสยามประเทศ กล่าวถึงพุทธศิลป์สมัยต่างๆ ในประเทศไทย คือ สมัยทวารวดี สมัยศรีวิชัย สมัยลพบุรี สมัยเชียงแสน สมัยสุโขทัย สมัยอยุธยา สมัยรัตนโกสินทร์ และตำราพระปางในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์
ดำรงราชานุภาพ, สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยา. ตำนานพระพุทธเจดีย์. กรุงเทพฯ: มติชน, 2545.
ดำรงราชานุภาพ, สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยา. ความทรงจำ. กรุงเทพฯ: มติชน, 2546.