นิทานทองอินมีเนื้อหาเกี่ยวกับการสืบสวนสอบสวนเรื่องลึกลับที่เป็นคดีความอาชญากรรมต่าง ๆ มี 15 เรื่อง มีตัวละครสำคัญ 2 ตัว คือ นายทองอินนักสืบ และนายวัดเพื่อนสนิทของนายทองอินเป็นผู้ช่วยนักสืบและเป็นผู้เล่าเรื่อง
นิทานทองอินเรียงตามลำดับการพิมพ์เผยแพร่ในหนังสือทวีปัญญาดังนี้
เรื่องที่ 1 เรื่องนากพระโขนงที่สอง
เรื่องที่ 2 เรื่องนายสุวรรณถูกขโมย
เรื่องที่ 3 เรื่องความลับแผ่นดิน
เรื่องที่ 4 เรื่องนายสวัสดิ์-“ปิตุฆาต”
เรื่องที่ 5 เรื่องยาม้าบังกะโล
เรื่องที่ 6 เรื่องสร้อยคอร้อยชั่ง
เรื่องที่ 7 เรื่องเข็มร้อยดอกไม้
เรื่องที่ 8 เรื่องจดหมายจากเมืองเประ
เรื่องที่ 9 เรื่องกำนันคงบ้านโยคี
เรื่องที่ 10 เรื่องอ้ายมั่นมือเหล็ก
เรื่องที่ 11 เรื่องหวุดหวิด
เรื่องที่ 12 เรื่องนายอำเภอทับกวาง
เรื่องที่ 13 เรื่องผู้ร้ายฆ่าคนที่บางขุนพรหม
เรื่องที่ 14 เรื่องนายจรูญเศรษฐี
เรื่องที่ 15 เรื่องระเด่นลันได
เรื่องย่อนิทานทองอินบางเรื่องมีดังนี้
เรื่องที่ 1 นากพระโขนงที่สอง เป็นเรื่องเกี่ยวกับปีศาจนางนากออกหลอกหลอนผู้คนที่บางพระโขนง นางนากเป็นภรรยาของพันโชติซึ่งเป็นกำนัน นางนากและพันโชติมีบุตรด้วยกัน 2 คน ชื่อนายชมและนายชื่น เมื่อนางนากเสียชีวิตได้ปีเศษ พันโชติคิดจะหาภรรยาใหม่ ปีศาจนางนากจึงปรากฏตัวหลอกหลอนและห้ามพันโชติมิให้มีภรรยาใหม่ ปีศาจนางนากช่วยพันโชติให้มีความสะดวกสบาย เช่น ช่วยตักน้ำใส่ตุ่มในตอนกลางคืน ช่วยเฝ้าระวังมิให้ผู้ร้ายมาขโมยควาย นายทองอินและนายวัดทราบเรื่องจึงออกสืบสวนคดีปีศาจนางนากและได้รู้ความจริงว่า นายชมกับเพื่อนชื่อนายปริกสมคบกันปลอมตัวเป็นปีศาจ เพื่อขัดขวางมิให้บิดามีภรรยาใหม่
เรื่องที่ 2 นายสุวรรณถูกขโมย เป็นเรื่องเกี่ยวกับคดีสร้อยเพชรของนายสุวรรณที่ถูกโจรกรรม เหตุเกิดที่โรงพักประตูสำราญราษฎร์ ใน พ.ศ. 2447 สร้อยเพชรของนายสุวรรณที่อยู่ในตู้หายไป นายสุวรรณสงสัยว่านายกรซึ่งเป็นลูกจ้างเป็นผู้ขโมย เพราะนายกรเป็นผู้ถือกุญแจตู้ในวันที่ทราบว่าของหาย นายสุวรรณพบพวงกุญแจที่นายกรรับผิดชอบหล่นอยู่หน้าตู้เครื่องเพชร นอกจากนั้นยังปรากฏรอยเท้าที่หน้าต่าง นายกรตกเป็นผู้ต้องหาและถูกจับกุม นายกรจึงขอให้นายทองอินช่วยสืบหาความจริง ผลการสืบสวนปรากฏว่าผู้ที่ขโมยสร้อยเพชรไปคือนายสุวรรณนั่นเอง โดยนายสุวรรณนำสร้อยของตนเองไปขายเพื่อใช้หนี้ แล้วสร้างหลักฐานเท็จเพื่อป้ายความผิดให้นายกร เมื่อถูกจับได้นายสุวรรณจึงกินยาพิษฆ่าตัวตายหนีความผิด
มงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว, พระบาทสมเด็จพระ. นิทานทองอิน ของ นายแก้ว นายขวัญ. กรุงเทพ ฯ: มหามกุฏราชวิทยาลัย, 2507. (พิมพ์โดยเสด็จพระกุศล สมเด็จพระเจ้าภคินีเธอ เจ้าฟ้าเพชรรัตนราชสุดาสิริโสภาพัณณวดี ในการทรงบำเพ็ญพระกุศลวันสวรรคตพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ครบ 39 ปี).
รามจิตติ [พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว]. ประพฤติการณ์ของนายทองอิน รัตนะเนตร์. กรุงเทพ ฯ : สโมสรรหัสคดี. 2549.